در پیروزی انقلاب نقش چشمگیری داشت و از دستورات مافوق خود سرپیچی و از تیراندازی به سوی هموطنان خود و مردم بی گناه خودداری نمود. در سال ۱۳۵۷ منزل ایشان که در نظام آباد تهران واقع بود، توسط نیروی ساواک رژیم شاهنشاهی مورد غارت قرار گرفت ولی چیزی از منزل ایشان یافت نکردند چرا که ایشان از یاران جان برکف امام خمینی (ره) بودند و اعلامیه و نوارهای زیادی در اختیار داشتند.
پس از گذشت این دوران در سال ۱۳۵۹ از دانشگاه افسری فارغ التحصیل شد و با شروع جنگ تحمیلی بلافاصله به جبهه اعزام شد . در سال ۱۳۶۰ در منطقه عملیاتی میمک فرماندهی عملیات و در سال ۱۳۶۱ در عملیّات بیت المقدس فرماندهی گروهان را به عهده داشت.
در تاریخ ۲/۳ /۱۳۶۱ یک روز مانده به آزادی خرمشهر عملیّات ایشان لو رفت و توسط عراقی ها در همان روز به اسارت درآمد . ایشان در یکی از زندان های عراق بنام صلاح الدین تکریت در بند اسارت بود، در دوران اسارت از خود گذشتگی ها و رشادت های زیادی از خود نشان داد و شکنجه های زیادی را متحمّل شد زیرا ایشان از طریق نامه با رهبر کبیر انقلاب حضرت امام خمینی (ره) از طریق آدرس یکی از دوستان در تهران مکاتبه داشت و از رهنمون های آن بزرگوار در اسارت بهره می برد.
تنها وسیله ارتباطی ایشان با خانواده در آن زمان فقط نامه بود که هر شش ماه یک بار توسط صلیب سرخ فرستاده می شد . او در نامه هایش از احوال خود و دیگر اسرا می نوشت . او که کشاورزی را از پدر یاد گرفته بود و مهارت های زیادی در این زمینه داشت آنجا هم به کشاورزی می پرداخت و خیار و گوجه به عمل می آورد. با وجود اینکه در زندان اتو در اختیار نداشتند امّا همیشه لباسهایش تمیز و اتو کرده بود ، لباسهای خود را هنگاهی که هنوز نم داشت در زیر تخت خود قرار می داد و تا صبح خشک می شد.
در این دوران یک بار از طریق صلیب سرخ به زیارت حضرت امام حسین (ع) ، حضرت علی (ع) و حضرت ابوالفضل (ع) مشرف شدند.
او که فردی شجاع و نترس بود از عراقی ها مایحتاج دوستان خود را تأمین می کرد ، یک بار به خاطر نفت در زمستان چون هیچ وسیله گرمایشی نداشتند با عراقی ها درگیری پیدا کرد امّا از آنجایی که او از نیروهای کماندو ارتش بود و فردی سخت کوش وچالاک بود توانست بر عراقی ها چیره شود و همین مسائل بود که باعث شد عراقی ها وی را زیر نظر داشته باشند . البتّه شهید حسن هداوند میرزایی از همان دوران اولیّه جنگ شناسایی شده بود به طوری که در کردستان توسط افراد کومله برای سر ایشان مبلغ صدو پنجاه هزار تومان در سال ۱۳۶۰ جایزه گذاشته بودند و این چیز جدیدی نبود.
در سال ۱۳۶۸ یعنی در دوران آزادی اسرا ایشان را به همراه ۱۹ نفر دیگر به قصد آزادی از زندان بردند ، آن ۱۹ نفر برگشتند ولی خبری از این شهید نشد . عراقی ها لباس های او را برای هم بندی هایش آوردند و از آنها خواستند که شهادت بدهد که او به مرگ طبیعی مرده است . ولی با توجّه به صحبت های یکی از دوستان ایشان او را در سلول انفرادی انداخته بودند که با ضربات مشت با دیگر دوستان خود ارتباط برقرار می کرده ولی دقایقی بعد دیگر صدای ضربات او شنیده نشد ، عراقی ها با سروصدای دوستان او درب سلول را باز کردند و پیکر این شهید را که سیاه و کبود شده بود بیرون آوردند و به بیمارستان الرشید عراق منتقل کردند.
پیکر مطهر شهید هداوند میرزایی که پس از 12 سال مدفون بودن در عراق در تیرماه 81 به ایران تحویل داده شد
ما همان نسل جوانیم که ثابت کردیم
در ره عشق جگردار تر از صد مردیم
هر زمان شور خمینی به سر افتد ما را
دور سید علی خامنه ای می گردیم